Interior

En el interior destacan los espacios creados por los esbeltos pilares de sillería y las bóvedas. La capilla mayor se cubre con cúpula sobre pechinas y se accede a la misma por una escalinata de mármol blanco. Debajo se encuentra la sepultura de don Ildefonso Pacheco Portocarrero y su esposa. En el lado de la epístola, próximo a la cabecera, hay un tramo de nave con bóveda de crucería formando estrella de cuatro puntas con ligaduras y combados. La sacristía tiene bóveda de cañón y su portada es de estilo clásico. Junto a ella se encuentra la capilla de la Magdalena con bóveda de crucería cuya clave decora un escudo de tres fajas. En su retablo barroco se encuentra la imagen de la titular. Es una talla de madera policromada que representa a la Magdalena con sobrio realismo y siguiendo la tipología de la que escupió Juan de Mena para la iglesia de San Felipe Neri en Madrid.

Cerca del presbiterio hay varias lápidas; dos de ellas están adosadas al muro. TAmbién se encuentra en esta zona un gran escudo de la familia Portocarrero.

En el último tramo de la nave del evangelio y empotradas en los ángulos hay cuatro pequeñas columnas que son hispanovisigodas, según indica la inscripción existente en el fuste de otra columna situada a los pies. Respecto a esta inscripción, todos los autores están de acuerdo en su traducción: "En el día noveno antes de las calendas de enero de la era 597, fue dedicada esta iglesia a Santa María". Sería pues el 24 de diciembre del año 556 de nuestra era.

En la sacristía se conserva un plano metálico en cuyo fondo se representa el Sacrificio de Isaac, está fabricado en latón sobredorado y mide 41 cm. de diámetro. ES del tipo de platos conocidos como limosneros o petitorios porque se utilizaban en las cuestaciones. En España abunda este tipo de piezas, aunque en Extremadura sólo tenemos noticias de las que existen en el Santuario de Carrión, cerca de Alburquerque, y otro en la ermita de los Santos Mártires de aquí de Jerez.

En el ejemplar de Santa María aparece en el centro Abraham con el brazo derecho levantado blandiendo una espada, y con el izquierdo sujetando la cabeza de Isaac, que se encuentra arrodillado sobre una pira. A la derecha aparece un cordero al que mira Abraham y un esquemático árbol de tres copas.

Entre los objetos destaca una custodia realizada en 1745 por Manuel García Crespo. Es de tipo sol y lleva cuatro escudos en el pedestal del astil con las armas de la orden franciscana.